貸株設定をすると代用評価はされなくなりますか？

代用評価されなくなります。 貸株設定の申込をした株式が代用有価証券だった場合、貸株設定の申込当日より、その評価額について受入保証金から差し引いて計算がされます。 詳細表示

有価証券を保証金に充当することは可能ですか？

可能です。 詳細は こちらをご確認ください。 詳細表示