特別口座とは、株券電子化移行時（2009年1月5日に実施）に証券保管振替機構（ほふり）へ預託されていなかった株式等についてその時点の株主名義で上場会社が信託銀行等に開設した口座です。
特別口座は株主の権利を確保することを目的とした口座であるため、お取引などに一定の制限があります。
特別口座は株式の取引口座ではありませんので、特別口座に記録された株式を売買するには、あらかじめ証券会社に株式を振り替える必要があります。