自動では開設されません。  
こどもNISAは、「ジュニアNISA」とは異なる全く新しい制度として開始される予定です。そのため、ジュニアNISA口座をお持ちの場合でも自動的に移行・開設されることはなく、改めて「こどもNISA」の新規口座開設手続きを行う必要があります。